シミついたムダが現場に定着すると、ムダの制度化が始まる。シミついたムダに気づかず、ムダがついたままで、"ムダ入りシステム運用"が開始される。シミ込んだムダを取るには、部品表の深さを見るとよい。JIT改革前は部品表が深く、改革後には浅くなる。シミ込んだムダは、現場の体質になってしまうために、管理業務が増加する。仕掛り管理や品質管理を充実することにより、ムダが染み込んだ生産管理自体を疑うことが必要である。
同時に、設備の自動化やロボット化においても、同様の誤りを犯しがちである。ムダのシミついた現状をそのまま自動化してしまう。自動搬送機、自動倉庫、マテハンを並べた自動化ラインは、シミ込んだムダそのものである。